嵌入式系统依托“可信嵌入式软件”国家工程技术研究中心和教育部“软硬件协同设计技术与应用”工程中心，培养具有大系统架构设计能力和可信嵌入式软件开发能力、嵌入式系统项目管理能力的高级应用型专门人才。2007年获得教育部“质量工程”特色专业建设。

嵌入式系统方向的课程设置有可信嵌入式软件和大系统架构设计两条主线，专业核心课程为自动机理论、实时操作系统、并行程序设计、软硬件协同设计、移动计算、FPGA设计等；辅以嵌入式系统建模、嵌入式软件测试与验证、ARM体系结构及设计、设备驱动程序、无线传感器网络等专业课程，构成可信嵌入式软件引领、软硬件协同设计的专业特色。嵌入式系统通过校企合作共建课程、实际应用案例剖析以及系列讲座等方式，强化移动计算和可信嵌入式软件的实践教学。

软件工程专业毕业生就业率高，就业薪水高，2015年毕业生平均薪资近7000元，年薪超过十万占40%。学生毕业后多在软件公司、信息技术公司、银行等各类企事业中从事软件工程相关工作， 如： 腾讯、华为、H P 、I B M 、Oracle、工行、农行、汇丰银行等；每年海外留学学生比例约为15%，留学高校有宾夕法尼亚大学、耶鲁大学、卡内基美隆大学、马里兰大学、纽约大学等。