本专业是国内第一批拥有生态学博士学位、硕士学位授予权的专业。2002年第一次招收本科生以来，迄今已形成从本科、硕士至博士的完整培养体系。本专业主要为国家和地方生态文明建设培养专门人才，在科研机构、中高等院校、各企事业单位、技术和行政管理部门从事环境保护的研究、规划及管理工作。毕业生中每年约有50％进入国内外著名大学继续深造，如复旦大学、北京大学、美国杜克大学、哥伦比亚大学、加拿大阿尔伯特大学、英国曼彻斯特大学等。或在环保、园林、生物技术及教育等领域就业，如上海市园林工程公司、北京市环境保护科学研究院等。

主要专业课有：生态学概论、生态学研究思想史、自然地理学、普通生物学、种群生态学、群落生态学、生态系统生态学、植被生态学、遗传生态学、生态信息学等专业基础和专业核心课；全球变化生态学、湿地生态学、生物多样性保护、生态学研究方法与技能实践等专业特色课；以及自然观察、生态学野外实习、植物分类实习等野外实践课程。